Die Gemeinde wird erstmals 1229 urkundlich erwähnt.
Diese erste Urkundliche Erwähnung erfolgte gemeinsam mit dem Nachbarort Scherbda in einer Urkunde des Klosters Höxter an der Weser.
Beide Ortsnamen gehen wahrscheinlich auf ältere slawische Siedlungen zurück. Dies kann zumindest auf die Namen Ewanshusen für Ebenshausen und Schewan für Scherbda angenommen werden.
Die Siedlung Ewanshusen hat ihren Ursprung im Bereich der heutigen Planstraße .Hier im Bereich des Gemeindesaal`s befand sich wohl auch die alte Holzkirche mit Gottesacker. Die Lage des Gotesacker`s kann zumindest auf der Grundlage von Knochenfunden ungefähr bestimmt werden.
Die heutige Kirche wurde im 1714 errichtet. Die weitere Siedlungsmäßige Entwicklung des Ortsgebietes, hat sich dann bis zum heutigen Tage in Nordöstlicher Richtung im wesentlichen ereignet. Wichtige geschichtliche Ereignisse für den Ort und seine Bewohner waren u.a. der 30ìge Krieg, in dessen Ergebnis sich auch in Ebenshausen schwere Verwüstungen ergaben.
Aber die Nachbarsiedlungen wie Werthausen und Wesse bis hin zu Almenhusen wurden weitaus stärker zerstört. Zumindest zeigen dies die Umsiedlungen von deren ehemaligen Bewohnern nach Ebenshausen hin.
So führten diese Übersiedlungen in den nachfolgenden Jahrhunderten immer wieder zu Grenzstreitigkeiten mit den jeweiligen Nachbargemeinden, denn diese Bewohner behielten ihren Grundbesitz in den zu anderen Gemeinden gehörigen Gemarkung. Der Bekannteste Grenzstreit aus diesem Zusammenhang, befasst sich um die Flurteile der Wüstung Werthausen. Hier wurden sogar mit den jeweiligen Landesherren Öffentlich-Rechtliche-Verträge über die Umfluhrung der Gemarkungsteile von Werthausen nach Ebenshausen abgeschlossen. Urkundlich nachweisbar sind zwei Verträge. Ein Vertrag aus dem Jahre 1820 und ein weiterer aus dem Jahre 1939. Beide Verträge wurden aber nicht vollzogen.
Eine wichtige Entwicklung für unser Dorf stellte die Errichtung der Werrabahn zwischen Herleshausen und Eschwege, mit der Fertigstellung im Jahre 1905 dar. Hier bekamm die Gemeinde gmeinschaftlich mit dem Nachbarort Frankenroda einen Bahnhof.
Wesentlich für die Verbesserung der Lebensqualität der Ebenshäuser, war der Bau einer öffentlichen Trinkwasserversorgung und einer zentralen Abwässerableitung durch einen Ortskanal. Diese Baumaßnahmen wurden durch den Bürgermeister Heini Fischer trotz der wirtschaftlich angespannten Lage in der DDR in den Jahren 1980 bis 1985 realisiert.
Im wesentlichen, war dieser Erfolg dem Organisationstalent des Bürgermeister und dem Streben der Arbeitsamen Bewohner unserer Gemeinde geschuldet. In vielen unbezahlten und bezahlten Arbeitsstunden nach Feierabend wurden diese Arbeiten erledigt. Hier zeigte sich eine funktionierende Dorfgemeinschaft. Auch der Eigenleistung errichtet Konsum verbesserte den Alltag unserer Menschen. Auch wenn sich dadurch die allgemeine Versorgungslage, wie sie in der DDR an der Tagesordnung stand, nicht verbessern lies.
Die politische Wende in der DDR und die anschließende Wiedervereinigung unseres Vaterlandes, verlief auch in Ebenshausen friedlich. Im wesentlichen ist auch dies der führsorglichen und vorausschauenden Kommunalpolitik der im Dorf Verantwortung tragenden Menschen zu verdanken gewesen!
Mit der Wiedervereinigung Deutschlands und den sich daraus ergebenden neuen Entwicklungen in ganz Deutschland konnte auch Ebenshausen eine Weiterentwicklung erfahren. So wurde im Jahre 1992 durch den Landkreis Eisenach eine Ortskernumfahrung der K 5 errichtet. Diese Baumaßnahme entlastet die Ortsdurchfahrt der K 5, im wesentlichen war dies der Lieferverkehr für das verarbeitende Gewerbe im Nachbarort Frankenroda. Für die vielen Straßenständigen Häuser entlang der OD der K 5 war dies eine riesige Entlastung. Das Projekt und ein Teil der baulichen Vorleistungen waren auch hier dem Bürgermeister Heini Fischer zu verdanken.
Nach der Wende galt es, dann für die jetzigen Gemeindevertreter diese Planung dem Landkreis zu verkaufen und diesen bei der Umsetzung des Projektes tatkräftig zu unterstützen. Ergebnis dieser Gemeinschaftsmaßnahme war dann die feierliche Übergabe der neuen Straße im September 1992.
Auch einige An- und Aussiedlungsvorhaben gelangen der Gemeinde nach der Wende. So wurde im gleichen Zeitraum 1992 eine Mittelständische Kabelkonfektionsfirma im Gewerbegebiet Oberfeld angesiedelt. Im Jahre 1996 wurde ein kleines Wohngebiet mit ca. 20 Bauplätzen im Mittelfeld erschlossen. Leider können noch heute einige Bauplätze besetzt werden!
Einen Höhepunkt in der Bautätigkeit der Gemeinde Ebenshausen stellt die Errichtung des Ersatzneubau`s unserer Werrabrücke dar.
Dieses Gemeinschaftsprojekt mit unserer Nachbargemeinde Mihla finanziert und ausgeführt, konnte im Jahre 1997 fertig gestellt werden. Im wesentlichen ermöglicht, wurde dieses Bauvorhaben durch die Europäische Union. Hier wurde durch die ehemalige LEADER II Aktionsgruppe unter der Leitung des früheren Amtsleiters und heutigen Landrates Reinhard Krebs den Gemeinden Ebenshausen und Mihla ein Zuschuss von 75 % aus dem genannten Förderprogramm für die entstandenen Baukosten gewährt! Natürlich war auch die Unterstützung des Landkreises Wartburgkreis für die Umsetzung des Vorhabens unverzichtbar.
Mit der Aussiedlung eines Ortsansässigen Fuhrunternehmens aus dem Dorfgebiet in das Untere Mittelfeld, ist die Siedlungstätigkeit der Gemeinde über bestehende Ortsgrenzen hinaus erst einmal abgeschlossen.
Kulturell hat sich seit einigen Jahren das immer Anfang September stattfindende Preisackern
als der Höhepunkt im Jahreslauf der Dorfgemeinschaft entwickelt.